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Le préfet, représentant du gouvernement, dirige les services de l’État dans le département, à l’exception de l’inspection d’académie et de la direction départementale des finances publiques qui ne relèvent que partiellement de son autorité. Il reste seul chargé de l’ordre public du contrôle des collectivités et de leurs établissements, et de l’exercice des missions régaliennes de l’État.

Au 1er janvier 2010, a été crée la direction départementale des territoires et de la mer (DDTM), qui met en œuvre les politiques publiques d’aménagement et de développement durable des territoires et de la mer portées par le MAA (ministère de l’agriculture et de l'alimentation), le MTES (ministère de la transition écologique et solidaire)) et le Ministère de la cohésion des territoires.

Forte d’une expertise technique et d’une capacité d’analyse renforcées, la DDTMdirection départementale des territoires de la mer exerce, sous l’autorité du préfet, l’ensemble des missions liées à l’aménagement et au développement durables du territoire et de la mer en Charente-Maritime, dans des domaines aussi divers que l’environnement, l’eau, l’agriculture, l’urbanisme, la prévention des risques, le logement, la construction, les activités maritimes, la gestion des gens de mer...Elle exerce un rôle de conseil auprès des collectivités sur l’ensemble de ces thématiques.

La DDTMdirection départementale des territoires de la mer est constituée d’environ 300 agents répartis sur 3 sites à La Rochelle et 6 sites territoriaux.