La qualité des eaux dans le département de la Charente-Maritime relève de plusieurs enjeux :

• → un enjeu maritime : avec plus de 470 km de côte, la maîtrise de la qualité des eaux littorales demeure une nécessité au regard des milieux naturels variés, de l'activité conchylicole, particulièrement importante, et de l'activité touristique ;
• → un enjeu eau potable : l'alimentation en eau potable du département est assurée à 65% par des prélèvements en eaux souterraines. Le complément provient des eaux de surface, notamment de la Charente ;
• → un enjeu cours d'eau : le département comporte un réseau hydrographique important à fort intérêt piscicole et environnemental.

La prévention des pollutions diffuses d'origine agricole constitue un des piliers majeurs de la politique de l'État déployée dans le département pour préserver et restaurer le bon état des eaux et des milieux aquatiques.